 La jurisdicción federal en la administración del agua tiene más de cien años de vida y contando. A lo largo de esta dilatada historia, distintas instancias del ejecutivo federal fueron las encargadas de vigilar y sancionar el cumplimiento de las obligaciones de carácter legal y técnico, que usuarios y solicitantes de aguas de corrientes declaradas de propiedad nacional, debían cumplir. Encabezaron también la construcción de grandes sistemas de riego, de abasto a poblaciones y ciudades, control de corrientes, etc., obras de infraestructura que estuvieron enmarcadas en políticas hidráulicas que promovieron el desarrollo nacional. En este largo proceso se acumularon los miles de documentos que actualmente se resguardan en el archivo.
Origen institucional de los expedientes:
La Secretaría de Fomento (1891-1917), institución porfiriana que, junto con la de Comunicaciones se encargaron de vigilar el cumplimiento de las disposiciones de la nueva ley sobre vías de comunicación del 6 de julio de 1888, primera disposición legal del gobierno federal para regular los aprovechamientos.
La Secretaría de Agricultura y Fomento (1917-1946), organismo posrevolucionario a quien se le encomendará reglamentar los aprovechamientos y mediar en los conflictos de aguas entre antiguos y nuevos usuarios que surgieron a consecuencia de la reforma agraria: ejidos, pueblos y comunidades.
La Comisión Nacional de Irrigación (CNI) (1926-1946) constituida a partir de la Ley de Irrigación de 1926, que declara de utilidad pública la irrigación. La CNI diseñó y construyó Sistemas de Riego (actualmente Distritos de Riego) en cuencas hidrográficas del centro y norte del país, iniciando la vigorosa participación del Estado en la construcción de obras hidráulicas de grande y pequeña irrigación.
 La CNI se transforma en la Secretaría de Recursos Hidráulicos (1947-1976) con el propósito de aprovechar al máximo el agua cada corriente del país en usos múltiples (riego, generación de energía, doméstico, industrial, etc.).
Así mismo, comienza el interés por el desarrollo del sureste del país y para ello se crean las comisiones del Papaloapan, Tepalcatepec, El Fuerte y Grijalva, organismos semiautónomos instituidos con la finalidad de promover el aprovechamiento integral de los recursos naturales y humanos de las cuencas del mismo nombre.
La Secretaría de Agricultura y Recursos Hidráulicos (1977-1989), que prosigue la construcción de obras y la administración de los Distritos de Riego.
Finalmente la Conagua, organismo desconcentrado de la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales, tiene desde 1989 la misión de administrar y preservar las aguas nacionales, con la participación de la sociedad, para lograr el uso sustentable del recurso.
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